今天卸任的陈水扁，昨天已搬离玉山官邸。今天一早，陈水扁先在“总统府”与邦交国元首握别。马英九与周美青伉俪预定上午八点五十五分抵达“总统府”，与萧万长夫妇会合后，共同前往“总统府”三楼晴厅。扁吕两人将在晴厅等候，随后由“总统府”三局大礼官带领扁吕与马萧前往大礼堂交接，马萧宣誓就任。

依照惯例，赖英照将以大法官会议主席身分担任正副“总统”宣誓就职典礼监交人，随后由“立法院长”王金平授与马萧两人“中华民国之玺、荣典之玺”与“总统”之印、“总统”之章、副“总统”之章。

仪式结束后，马萧将送扁吕两人离开“总统府”，随后返回“总统府”参加“行政院长”刘兆玄与“国安会秘书长”苏起宣誓就职仪式。之后将在“总统府”接受外宾致贺与接见官员。随即驱车前往小巨蛋参加庆祝大会，马将发表就职演说。